La misión del Instituto de Ecología es impulsar el desarrollo de la ecología como una disciplina científica. El Instituto realiza investigación de alta calidad, forma investigadores y profesionistas en ecología, participa en la divulgación del conocimiento científico sobre temas ecológicos y promueve la vinculación entre el conocimiento científico y la solución de problemas ambientales de México y del mundo.

Los investigadores del Instituto estudian diversos aspectos de la biodiversidad en todas sus dimensiones: genes, especies y ecosistemas. Contribuye a su conocimiento a través de estudios de evolución, conservación de recursos naturales e interviene en proyectos encaminados a la resolución de problemas ambientales en México y el mundo.

El Instituto de Ecología está dividido en cuatro departamentos: Ecología de la Biodiversidad, Ecología Evolutiva, Ecología Funcional y el Laboratorio Nacional de Ciencias de la Sostenibilidad.

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